গোপালগঞ্জ জেলায় রয়েছে অসংখ্য  নদ-নদী। উল্লেখযোগ্য নদীসমূহ হলোঃ

১. মধুমতি

মধুমতি নদী বাংলাদেশের দক্ষিণ-পশ্চিমাঞ্চলের মাগুরা, ফরিদপুর, নড়াইল, গোপালগঞ্জ এবং বাগেরহাট জেলার একটি নদী। নদীটির দৈর্ঘ্য ১৭০ কিলোমিটার, গড় প্রস্থ ৪০৮ মিটার এবং প্রকৃতি সর্পিলাকার। বাংলাদেশ পানি উন্নয়ন বোর্ড বা “পাউবো” কর্তৃক মধুমতি নদীর প্রদত্ত পরিচিতি নম্বর দক্ষিণ-পশ্চিমাঞ্চলের নদী নং ৭৪।

২. বাঘিয়ার নদী

৩. ঘাঘর

ঘাঘর নদী বাংলাদেশের দক্ষিণ-পশ্চিমাঞ্চলের বরিশাল গোপালগঞ্জ এবং বাগেরহাট জেলার একটি নদী। নদীটির দৈর্ঘ্য ৩২ কিলোমিটার, গড় প্রস্থ ৭২ মিটার এবং প্রকৃতি সর্পিলাকার। বাংলাদেশ পানি উন্নয়ন বোর্ড বা “পাউবো” কর্তৃক ঘাঘর নদীর প্রদত্ত পরিচিতি নম্বর দক্ষিণ-পশ্চিমাঞ্চলের নদী নং ২৮।

৪. পুরাতন কুমার

৫. বিলরুট ক্যানেল  ( এটি কৃত্তিমভাবে তৈরি করা হয় ১৩১৭ বঙ্গাব্দ/১৯১১ খ্রিষ্টাব্দ)

মুকসুদপুরের উল্লেখযোগ্য নদী কুমার। মুকসুদপুর উপজেলার মধ্য দিয়ে কুমার নদী বয়ে গেছে। নদীর দুই তীর পানি উন্নয়ণ বোর্ড কর্তৃক বেড়ী বাধ নির্মাণ করা আছে। এছাড়াও মুকসুদপুর উপজেলার মধ্য দিয়ে মধুমতি বিলরুট ক্যানেল বয়ে গেছে।

৬. কালিগঙ্গা

কালিগঙ্গা নদী বাংলাদেশের উত্তর-কেন্দ্রীয় অঞ্চলের মানিকগঞ্জ ও ঢাকা জেলার একটি নদী। নদীটির দৈর্ঘ্য ৭৮ কিলোমিটার, গড় প্রস্থ ২৪২ মিটার এবং নদীটির প্রকৃতি সর্পিলাকার। বাংলাদেশ পানি উন্নয়ন বোর্ড বা “পাউবো” কর্তৃক কালিগঙ্গা নদীর প্রদত্ত পরিচিতি নম্বর উত্তর-কেন্দ্রীয় অঞ্চলের নদী নং ০৯।

৭. টঙ্গীখাল

টঙ্গী নদী বা টঙ্গী খাল নদী (ইংরেজি: Tongi River) বাংলাদেশের উত্তর-কেন্দ্রীয় অঞ্চলের ঢাকা ও গাজীপুর জেলার একটি নদী। নদীটির দৈর্ঘ্য ১৫ কিলোমিটার, গড় প্রস্থ ৫৫ মিটার এবং নদীটির প্রকৃতি সর্পিলাকার। বাংলাদেশ পানি উন্নয়ন বোর্ড বা “পাউবো” কর্তৃক টঙ্গী খাল নদীর প্রদত্ত পরিচিতি নম্বর উত্তর-কেন্দ্রীয় অঞ্চলের নদী নং ২২।

৮. দিগনার

৯. বাগদা

১০. কুশিয়ারা

কুশিয়ারা নদী বাংলাদেশ-ভারতের একটি আন্তঃসীমান্ত নদী। বাংলাদেশ পানি উন্নয়ন বোর্ড বা “পাউবো” কর্তৃক কুশিয়ারা নদীর প্রদত্ত পরিচিতি নম্বর উত্তর-পূর্বাঞ্চলের নদী নং ১৭।কুশিয়ারা নদীর উৎস হচ্ছে বরাক বা বরবক্র নদী। বরাক নদীর উৎপত্তি স্থল মণিপুরের উত্তরে আঙ্গামীনাগা পাহাড়।

উক্ত পাহাড় হতে বরাক নদী উৎপন্ন হয়ে মণিপুর হয়ে কাছাড় জেলা ভেদ করে বদপুর দিয়ে সিলেটে প্রবেশ করেছে। সিলেটের সীমান্তস্থিত অমলসিদ স্থান থেকে দুই শাখায় দুই ভিন্ন নামে প্রবাহিত হচ্ছে। যার একটি হচ্ছে বাংলাদেশের ঐতিহাসিক নদী সুরমা অপরটির নাম কুশিয়ারা। কুশিয়ারা নদীর দৈর্ঘ্য ১২০ মাইল। এটি উৎপত্তিস্থল থেকে দহ্মিণ দিগে পশ্চিমাভিমুখে সিলেট কাছাড় সীমান্ত হয়ে বহে মেঘনা নদীর উৎস স্থলে পতিত হয়েছে।

১১. মধুপুর

১২. শৈলদহ

শৈলদাহ নদী বাংলাদেশের দক্ষিণ-পশ্চিমাঞ্চলের বাগেরহাট, গোপালগঞ্জ ও পিরোজপুর জেলার একটি নদী। নদীটির দৈর্ঘ্য ৮ কিলোমিটার, গড় প্রস্থ ৩৪০ মিটার এবং নদীটির প্রকৃতি সর্পিলাকার। বাংলাদেশ পানি উন্নয়ন বোর্ড বা “পাউবো” কর্তৃক শালদহ নদীর প্রদত্ত পরিচিতি নম্বর দক্ষিণ-পশ্চিমাঞ্চলের নদী নং ৮৭।

১৩. ছন্দা